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Résumé: la représentation dans l’espace de molécules est un problème classique faisant appel à l’informatique. L’ordinateur est, en effet, capable de représenter des molécules sous forme de sphères liées entre elles. Des normes ont été élaborées pour définir très simplement la position des centres des atomes; les rayons des atomes permettent ensuite de définir des sphères et les outils de représentation graphique font le reste.

Mots-clés: dimension, espace, molécule, chimie, sphère.

Solution : donnée en P5JS.

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Belles molécules

L’exercice consiste à représenter des molécules de chimie. L’exemple ci-dessous donne une image d’une molécule dans l’espace.



Il y a plusieurs façons de définir des molécules de chimie. On considérera dans cet exercice des molécules définies sous la forme de tableau comme celui-ci (il s’agit de la nicotine) :



H indique l’hydrogène, C, le carbone, O, l’oxygène, N, l’azote.

Indications

La technique la plus simple consiste à définir une sphère de rayon r, puis de translater autant de sphères que d’atomes en fonction des coordonnées des centres (x,y,z). On prendra les rayons suivants :



Si l’atome n’est pas défini dans le tableau, on prendra un rayon r = 1. Il est intéressant de colorier les sphères (prendre, par exemple : l’hydrogène gris, le carbone bleu, l’oxygène vert, l’azote rose.

On peut trouver les définitions des molécules dans des fichiers dont le suffixe est habituellement pdb. Le méthanol est donné par:



Version P5.JS. Instructions: rechargez la page ou tapez N pour une autre représentation aléatoire; + ou - pour agrandir ou rétrécir; utilisez la souris pour tourner autoure de la molécule.

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